Praeguseks on olemas kaks vaktsiini. Mõlemad vaktsiinid kaitsevad HPV 16 ja HPV 18 vastu (mis on sagedasemad vähitekitajad); üks vaktsiin sisaldab lisaks kaitset ka kahe teise HPV vastu (HPV 6 ja HPV 11), mis põhjustavad tüükalisi muutusi genitaalide piirkonnas. On võimalik, et olemasolevad vaktsiinid võiksid kaitsta meid ka mõnede teiste kõrge vähiriskiga HPV tüüpide vastu. Käimasolevad uuringud on selles suhtes paljulubavad, kuid vajalik on veel edasiste andmete kogumine.

Vaktsineerimine HPV vastu on soovituslik enne suguelu alustamist või nakatumist HPV-ga, et immuunsus haiguse vastu jõuaks tekkida enne nakatumist. Soovitatav tütarlaste vanus oleks 11-15 eluaastat. Samas võib vaktsineerida ka vanemaid, kuni 55-eluaastaseid naisi. Varem läbipõetud HPV infektsioon ei anna aluaegset immuunsust. Mõlemad vaktsiinid koosnevad kolmest doosist, st et immuunsuse tekkeks on vajalik teha 3 süsti.

Vaktsineerimine ei tähenda, et naine oleks 100 % kaitstud emakakaela vähi eest. Vaktsiin kaitseb nende HPV tüüpide eest, mis põhjustavad 70 % emakakaela vähkidest (HPV 16 ja 18). Kuid on veel teisi HPV kõrge riski tüvesid, mille vastu kaitse puudub ja mis võivad põhjustada haiguse. Seega, vaatamata vaktsineerimisele on ikkagi vajalik iga-aastane günekoloogiline kontroll koos PAP testiga.